A Suprema Congregação do Rito York do Brasil é único foro da Obediência para as questões relacionadas ao Rito York do Brasil. Nenhuma alteração ritualística pode ser feita sem a aprovação da Suprema Congregação.
É composta de, do mínimo, sete, e no máximo, 33 maçons de notável cultura maçônica, considerável conhecimento dos Graus, dos Rituais do Ofício ou Simbolismo e da liturgia das cerimônias do Rito de York do Brasil.Seus componentes são indicados, em caráter vitalício, por ato do Grão Mestre Geral e aprovados pelo Grande Comitê Soberano. Só são substituídos em caso de morte ou impedimento legal, inclusive a perda dos direitos maçônicos.